無土地使用證的自建廠房，屬于違章建筑。在違章建筑拆遷補償問題上，應當區分建筑和建筑使用的材料，建筑和建筑范圍內合法的土地使用權，建筑和建筑內的財產，拆遷補償款和拆遷補助費，拆遷補償和拆遷賠償等。

首先，在拆遷補償中要注意區分違章建筑和建筑使用的材料。根據我國《城市房屋拆遷管理條例》第二十二條規定：“拆除違章建筑和超過批準期限的臨時建筑，不予補償;拆除未超過批準期限的臨時建筑，應當給予適當補償。”因此，在拆遷過程中，拆遷人對拆除違章建筑不予補償。但是，不能據此認為，拆除違法建筑使用的材料，拆遷人也不需要補償。事實上，某些違章建筑使用的材料從價值上來說是可以獨立存在的，違章建筑人對違章建筑使用的材料享有合法的財產權。

其次，在拆遷補償中，要注意區分違章建筑和建筑范圍內的土地使用權。如果違章建筑具有合法的土地使用權，即使在拆遷時不就拆除違章建筑本身補償違章建筑人，也必須考慮土地使用權對違章建筑人的財產利益。如果土地使用權是通過劃撥方式得來的，拆遷人可以不補償使用該土地的違章建筑人;但是如果土地使用權是通過出讓方式得來，違法建筑人繳足了土地出讓金，但出讓年限還未到期時，拆遷人應當就拆除違章建筑給違章建筑人造成的土地使用收益的損失予以適當補償。

再次，在拆遷補償中，要注意區分違章建筑和建筑內的財產。違章建筑內的財產可以獨立于違章建筑存在，系違章建筑人的合法財產，依法應當受到保護。拆遷人在拆除違章建筑的過程中，不得侵犯違章建筑人的違章建筑內的合法財產權益，否則應當承擔法律責任。

最后，在拆遷補償中，要注意區分拆遷補償款、拆遷補助費和拆遷賠償費。雖然我國《城市拆遷管理條例》明確規定拆除違章建筑不予補償，但是這只能說明違章建筑人不能獲得拆遷補償款，拆遷人仍要依法向違章建筑人支付拆遷補助費。拆遷補助費包括搬遷補助費和臨時安置補助費等其它費用。拆遷人不得因違章建筑拒絕向違章建筑人支付搬遷補助費和臨時安置補助費等費拆遷補助費的請求。如果由于拆遷程序和手段違法，侵害了被拆遷人和房屋承租人的合法權益時應當依法賠償損失，即拆遷賠償費。